La procédure de la CRMLCR se base sur la loi sur la procédure et la juridiction administratives (•LPJA). La CRMLCR statue habituellement dans une composition de trois juges. L'autorité appelée à statuer se compose du président ou de la présidente, ou du vice-président ou de la vice-présidente (présidence) et de deux juges spécialisés. Lors de litiges d'une importance fondamentale, elle fait appel en sus à deux autres juges spécialisés.  

La CRMLCR se réunit une fois par mois, ou plus souvent si le nombre de recours est élevé. Elle statue sur 10 à 15 cas par séance. La durée de la procédure dépend de la complexité de la matière. La Commission de recours met tout en oeuvre pour que la druée de la procédure soit réduite au minimum. Elle statue immédiatement sur les retraits de sécurité du permis de conduire pour une durée indéterminée en raison d’une inaptitude à la conduite.

La prise en charge des frais de procédure se base selon le droit général de la procédure. Si le recours est admis, l'Etat assume les frais de procédure. En cas de rejet du recours, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Le montant des frais de procédure se base sur le décret concernant les frais de procédure et les émoluments administratifs des autorités judiciaires et du Ministère public (Décret sur les frais de procédure, DFP). En règle générale, les frais se situent entre 150 CHF et 1'500 CHF (suivant la procédure). Dans certains, il est possible de renoncer à percevoir des frais de procédure; en cas de procédure longue et complexe, un émolument pouvant représenter au plus le double du montant maximal peut être perçu.

Les décisions de la CRMLCR peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public directement devant le Tribunal fédéral, Lausanne.